天皇未被究责、官僚及财阀的责任未被追究、美 国滥用法律、东条英机等人被当成代罪羔羊、原爆的责任未被追究等等，这是东京审判确实存在的问题。
之所以造成这些弊端，归根结底，是由于审判多方面受制于胜利者的各种政治目的。无疑，东京审判的正义性在"黑吃黑"的大国博弈逻辑中大打折扣。日本朝野批判东京审判缺乏正义性，指责西方强权的违法与伪善，确有其合理性。
但问题在于：这种所谓"日本只不过是被美国黑吃黑"的论调，并不足以(也不应该被用来)消解对日本帝国主义之批判--日本的帝国主义行径，和列强的帝国主义行径，本质是一种恶，只是"五十步笑百步"之区别而已，正如大沼保昭所言："原子弹的牺牲者将日本国民的罪恶集于一身，成为针对美国恢复心理上道义的对等性--应该说是不道义的对等性--的砝码而被利用"，这 种利用，其正义性又何在呢?
更重要的问题还在于，这种"黑吃黑"的逻辑，并不能对近代列强的帝国主义行径，做出更深刻的政治道德批判。日本在东亚的帝国主义行径，连同列强在全世界的殖民行径，以及帝国主义势力间的恶性竞争等等，都是需要深刻批判的历史。一味指陈"日本被美国黑吃黑"，显然无助厘清日本对东亚或亚洲的战争责任问题，甚至于"省略"掉了日本对东亚的罪责问题--在大国的影响下，东京审判注重日本对欧美的暴行，却忽视了日本对亚洲民众的暴行。
对亚洲国家的受害民众来说，东京审判何尝又不是只能算是半个正义，正如《东亚三国的近现代史》所言 ："东京审判侧重于日本对美英作战的罪行，而没有考虑日本把台湾、朝鲜变成殖 民地的罪行。对"慰安妇"制度等性暴力问题也没有从正面触及。至于731细菌部队及使用毒气的化学战的责任者，也以把技术资料交给美国为条件被免于追究责任。"
