5月20日，蔡英文举行就职典礼后，日本共同社发表评论说："民进党为躲避来自大陆的'统一压力'而倾向于重视与日本的关系。另一方面，日本安倍政府为了制约中国而加强对台关系。"
众所周知，"台独"的根子在日本对台湾的殖民统治。当年，日本在台湾实行武力镇压的同时，大力推行"皇民化"教育，力图让台湾人民在心目中抹去自己的祖国。这种皇民化教育遭台湾人民反对，但同时也培养了一批亲日、媚日势力。例如被称为"台独教父"的李登辉(岩里正男)，在日本败象已呈之时，还以"血书志愿"被录取为日陆军干部候补生。
二战末期，上述势力曾要求日本总督代表他们"宣布台湾独立"。民进党成立后，与日本支持台独的势力建立起密切关系。现任台湾领导人蔡英文多次访日，曾在日本公开表示："'九二共识'最大的问题在于它没有经过民主程序，没有经过透明化的过程，是不是能为台湾人接受，必须要接受台湾民主的检验。"
蔡英文在选举中获胜后，日本首相安倍立即对其"由衷表示祝贺"，希望"日本和台湾今后能共同合作"。两者将如何合作?这个问题主要受到四大因素的影响和制约，即:美国亚太再平衡战略和新日美防卫合作指针的落实需要;日本国内的政经需要;台湾当局的政经需要;日、台维持中日关系以及两岸关系相对稳定的需要。在这四个方面需要的影响和制约下，安倍政府与蔡英文为首的台湾当局的"共同合作"，会以相对柔性和隐晦的方式进行，主要包括以下方面：
