近日，中科院上海生科院计算生物学研究所的科研人员从基因和表达谱层面，首次揭示了中国人和日本人存在显著的表达差异。这项研究成果发表在最近出版的 《医学遗传学杂志》上。
可以发现，实际上中日并不同源，实际上两者父系重合的地方只有25%。日本主要基因是C、D2、O2a 和部分O3组成，而其中O3是与中国相同的，其他都不重合。日本的这部分中国基因，其实也不是来自于徐福。
而是来自中国河北的磁山文化，磁山文化人群从半岛迁移到了日本，也就是后来日本的弥生文化的来源。弥生人与日本本土绳文人相比，脸较长较平，鼻根扁平。弥生人的牙齿比绳文人大，身高也比绳文人高。
近年以来，日本也开始了中国寻根活动。毕竟，日本大部分人都来自中国磁山文化，从半岛迁徙过去，还有从古东海路线迁徙过去的中国古越人等新石器时期部落后代，还有少数来自南洋从琉球北上的人群。但是，现在这支古越人和某些新石器时期部落基因实际上在中国已经很少了。
中国主体基因来自于O3系列，中国85-90%的人群都是这种基因，这种基因来自于红山文化和龙山文化为主的北方新石器文明。传说当中的黄帝，就被认为是来自于红山文化。
随着时间的推移，现在在中国认祖的日本人越来越多，日本天皇都已经承认祖先来自于中国大陆了。其实，就是希望得到认可，因为日本是个自然灾害很多的地方，因此其忧患意识很强，这种认祖归宗也是为自己的后代，在日本真的发生大型自然灾害时找一条退路吧。
