在埃托奥来到了诺坎普之后，巴萨第一年重夺西甲冠军，第二年登顶欧洲成就双冠，西甲最佳射手，欧冠决赛进球，埃托奥无愧于巴萨第一福将。而这两年，是埃托奥在巴萨最无忧无虑的时光。从那以后无论球场内外，埃托奥的麻烦都接踵而至。2006年下半年，伤病终于找上了此前极少缺席比赛、钢筋铁骨的猎豹。2006-07赛季初，右膝半月板撕裂让状态火热埃托奥不得不远离赛场长达5个月之久，这一伤也让原本可竞争金球的喀麦隆人失去了获奖希望。巴萨也在他缺阵的时间里连续受挫，艰难前行。2007-08赛季前的甘伯杯上，埃托奥再度受伤返厂大修数月，给巴萨当季的征程蒙上了一层阴影。
2006-2008年，埃托奥仅仅在联赛中出场36次，但他仍然在有限的时间里用极高的效率为巴萨奉献了近30个联赛进球。巴萨连续两年四大皆空，埃托奥关键时刻伤停是梦二王朝土崩瓦解最重要的原因之一。球场上为伤病困扰，球场外的埃托奥也主动制造着麻烦。2007年莫名其妙炮轰主帅里杰卡尔德和队友小罗，在暴露了巴萨更衣室内部裂痕的同时也为自己招来更衣室毒瘤的骂名，这个不计后果的举动也为他后来的远走埋下了伏笔。毋庸置疑的是，小罗是埃托奥职业生涯遇到过的最好的队友，正是小罗一次又一次无私助攻，才有了此前两个赛季疯狂进球的猎豹。在小罗之后，埃托奥再也没能找到比巴西人更默契的锋线搭档。于情于理，埃托奥都不应该直接把茅头指向小罗，但这样的行为也符合他大多时候以自我为中心的性格特点。
2008年，在高层的力排众议下，初出茅庐的瓜迪奥拉接手了低谷中的巴萨。新官上任后，瓜帅率先清洗了包括小罗、德科在内一批不思进取的梦二重臣，埃托奥也因自己的大嘴前科被多次暗示不在瓜帅的建队计划之中。瓜迪奥拉坚信，不服管教、过于自我的埃托奥是更衣室的一枚定时炸弹，不知何时就会在球队内部引爆，使得巴萨一个赛季的努力在最后时刻付之东流。是走是留？埃托奥面临着职业生涯一次重要抉择。然而在经过一个夏天的考虑和与主教练的交流沟通后，埃托奥出人意料地选择了留下，留下做一次重要赌博。事实证明，这个赌博，对埃托奥、对瓜迪奥拉、对巴萨而言，是一次三赢的选择。
2008-09赛季，焕然一新的巴塞罗那开启了一段堪称梦幻的旅程。亨利在左，梅西在右，埃托奥居中，巴萨新的前场三叉戟横扫欧罗巴，打得欧陆诸强无不望而生畏。又是一年国家德比，第70分钟罚丢点球的埃托奥在比赛结束前5分钟完成救赎——哈维开出角球，普约尔头球摆渡，埃托奥近距离大腿垫射再次攻破卡西球门。进球后的埃托奥疯狂脱衣庆祝，向诺坎普10万球迷展示了自己健硕的肌肉。这也是埃托奥最后一个国家德比进球。五年时间，埃托奥四次为巴萨攻破皇马球门。
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