年(同治九年)七月二十六日，两江总督马新贻校场阅兵完毕，正在返回督署的路上。一名刺客穿过重重护卫，一边口呼冤枉，一边掏出匕首，刺入马新贻的右肋。这一刀非常准确，马新贻当场昏厥，第二天殒命。刺客并没有逃走，而是高喊：“我是张文祥”，并宣告马新贻罪状，随后束手就擒。这就是清末闹得沸沸扬扬的刺马案。
马新贻两年前才从浙江巡抚擢升为两江总督，他并没有多大功劳，却成为封疆大吏。即便如此，也不过就是清廷众多尸位素餐的官员而已，连他自己都没有想到，活着的时候声名并不特别显赫的他，死后却引起太多的猜测，甚至让国家边防再次告急。
清廷的反应是很迅速，慈禧太后立即调回正在天津处理教案的曾国藩，让他亲自调查刺马案。临行之时，慈禧再三叮嘱曾国藩：“马新贻办事很好”，几乎将此案定调。曾国藩此时右眼已经失明，为了顾全朝廷的脸面，带上刑部尚书郑敦谨，一同前往处理。
张文祥交代的杀人动机很简单，主要有三点：一是自己的钱财和妻子被人霸占，他曾向马新贻拦轿喊冤却没有受理；二是他的很多海盗朋友被马新贻所捕杀；三是他开的典当行生意被马新贻禁绝，断了财路，生活没有所依。这份供词白纸黑字，经过画押，现在还保存在台北故宫博物院。
曾国藩得出的结论：马新贻是个好官，张文祥是“漏网发逆”，“私通海盗”。清廷将张文祥剖腹挖心，祭奠了马新贻。可是，这样的判决和解释，却完全不能为民间所接受。甚至连马新贻的墓志铭都写着不同的看法：
贼悍且狡，非酷刑不能得实，而叛逆遗孽刺杀我大臣，非律所有，宜以经断用重典，使天下有所畏惧，而狱巳具且奏！衣言遂不书‘诺呜呼！衣言之所以力争，亦岂独为公一人也哉？
大量的野史、笔记、小说、戏曲所演绎的，并不是这样。它们将马新贻塑造成为一个毫无节操、毫无骨气之徒。他本是剿匪的败军之将，却和匪首义结金兰，再和匪首导演了一场官匪勾结收复失地的闹剧，最后冒功欺上瞒下，爬上封疆大吏的宝座。
不仅如此，在飞黄腾达之后，那些他将那些曾经拜把子的兄弟诱杀，并且霸占了他们的妻室。在《清稗类钞》、《江湖奇侠传》等等清末民初的小说中都有这个情节。张文祥或为友报仇，或为报夺妻之恨，最终行刺。此事被称为清末四大迷案之一，后来长期搬上荧屏，年李连杰、刘德华、金城武主演的《投名状》也是以此为题材的。
民间的说法更具有香艳和侠义风格，但在当时官场中的说法又是不同。当时官场老谋之士及近现代学者认为：刺马案表面看起来是偶发的寻仇事件，但更像是一个处心积虑的政治事件。
这要从曾国藩剿灭太平天国说起。当年，曾国藩率领湘军，攻灭太平天国的首都天京。他将太平天国十多年所获的金银财宝一掠而空，事后对朝廷上报的数额少之又少。湘军中很多都回乡大肆置办产业，从此发达。清廷让曾国藩说明太平天国国库的下落，他以天王府被焚烧，片瓦不存而回复。
慈禧太后为了防止战后湘军做大，逐步进行了裁撤。最重要的一步，就是明升暗降。她采取调虎离山之计，将曾国藩由两江总督调为直隶总督，却擢升功德均微的浙江巡抚马新贻为两江总督，接替曾国藩的位置。
更有人认为，慈禧抬举马新贻，就是为了让他查清太平天国财宝去向。马新贻刚到任，就对湘军严加斥责。他死之后，湘系军阀与中央政府之间的矛盾进一步恶化。慈禧加快了湘军裁减和对湘系军阀的打压力度，这对于政权稳固当然是个好事，但对于国家安全却未必有利。
最灾难性的恶果就是湘军兵力减弱之后，出现了真空，东南海防日益废弛。这一倒退，让本就虎视眈眈的英、法、美、日等列强更为嚣张。年，日本侵略我国的台湾及附属国琉球，并勒索巨额“赎台费”，年法国又在东南沿海挑起了中法战争。清政府疲于奔命，只能不断签订割地赔款和出卖国家主权的不平等条约，让列强掀起了新一轮瓜分中国的狂潮。
李鸿章曾经深有感触的说：若非马案，则裁（湘）兵日紧，终致海防日废，列强日盛，战祸不断，则国运日衰也。
