明朝对东北的统治并不深入，尤其外东北只是偶尔派员巡查，征收当地民族贡赋，对于外东北直至清朝仍是这种松散的管理方式;明朝对于辽东统治深入一些，但也是军事驻防为主。清朝(后金)是辽东边外的建州女真建立的政权，作为清朝的龙兴之地，清对东北控制程度更深入，虽然失去了外东北，但是清末东北建省以及移民实边(闯关东)改变了东三省的人口数量和人口结构，最终使其成为中国主体民族(汉族)的居住区，进而成为中国稳定疆域的一部分。
其实这个问题可以从更深层次上理解，即为什么说是清朝奠定了当代中国版图的基础而不是明朝?
下面这张是谭其骧《中国历史地图集》(以下简称“谭图”)中宣德八年即1433年的明朝疆域图，这是明朝全盛时期。明朝版图之外仍有亦力把里、瓦剌、鞑靼等部族或政权控制今新疆和内外蒙古，明朝版图内东北为奴儿干都司辖区，西藏为乌斯藏都司等机构管辖，这两处管理程度相对内地十分松散，只是羁縻性质(名义上管辖，中央政府可以受贡赋，但没有直接介入对当地行政事务的管理)
下面是谭图中万历十年即1582年的明朝疆域图，与上图相比明朝版图略有退缩，其他政权的分布格局也出现了新的变化，西北多了几个政权。
下面是你在提问时引用的网友蒙池都护绘制的嘉靖二十九年即1550年明朝疆域图，此图与谭图画法不同，制图者将女真各部和乌斯藏诸部都画在明朝版图之外，与明朝并立的还有蒙古、叶尔羌、吐鲁番等部族或政权，图幅要表现的是明朝后期实际控制的疆域状况。谭图虽然将乌斯藏和东北划入万历十年的明朝版图，但是此时明朝对两地的控制的确很薄弱。
直到亡国，明朝都没有将与其并立的各边疆部族或政权纳入其实际控制的范围。由明朝东北女真部落发展而来的清政权最终将图中边疆部落政权统一到中国版图之内，台湾也是在清朝才正式成为中国的一个府，于是便有了你发的第二张图的疆域范围，这张图的底图即谭图中1820年的清代疆域图。除了广度，在对领土控制的深度上，清朝也超过了明朝，更为彻底的改土归流和移民，使边疆和内地的差距逐渐缩小，使统一更加巩固。
清朝晚期，俄国在中国东北和西北夺去了很多土地，另有英割香港，葡占澳门，日据台湾等。下图为谭图光绪三十四年即1908年的清朝疆域图，反映的是清朝失地后的残余版图。
民国取代清朝，所继承的大致就是上面这张图的疆域范围。9.18后日本占领东北等地，抗战胜利后，日本退出东北;中国收回台湾，失去外蒙古;法理上正式获得南海诸岛;但与缅甸、印度等周边国家疆域仍未确定，这便是新中国继承的民国领土。
综上所述，清朝将明朝周边的部族政权纳入自己的版图实现了更为彻底的统一，如果这些部族政权不被纳入中国政府的管辖之下，很可能在近代民族国家形成的过程中成为一系列独立的国家，如果这样的话，这些地区将不再属于中国。清朝近代失去了很多土地，但是这些失地主要集中在相对于明朝的新增领土上。疆域的扩展就像滚雪球一样，是清朝将明朝疆域的雪球滚大，滚动中由于外力作用又失去了一些雪块，但最终剩下的雪块仍然很多，并为后来者所继承。
所以说清朝奠定了当代中国版图的基础。我们无法预知如果明朝没有灭亡，当代中国版图会是什么样，可能更大也可能更小，历史中有太多不可预知的偶然因素，所以假设毫无意义。
“元清非中国”等非理性的偏执型历史观的持有者可能不愿接受清代对中国领土有贡献之类的说法，但是民国毕竟直接接管了清朝的地盘。说当代中国版图继承自清代只是一种客观的历史事实，这是清朝统治的结果，这一事实本身与清朝好坏无关。如同印度的民主制度源自英国，并不表明英国当年对印度的占领就对就好，只是这种历史事实客观上为后来印度的民主发展打下了基础。如果中国最后一个王朝不是清朝而是其他朝代，奠定中国版图的自然也就是这个其他朝代;清朝处在古代中国向现代中国转变这样一个关键时段，奠定版图这种“好事”自然就落在它头上了。
