现代战斗机分清敌我主要通过三种方式。
一是目视识别。
这是最原始也是最可靠的方式，在越战期间，美国空军的交战规则就是战斗机在发射AIM-7“麻雀”中程空空导弹之前需要抵近目标进行目视识别，确认目标为敌机后才能发射导弹。这条规则几乎使“麻雀”的迎头射击能力和超视距攻击能力化为乌有。
F-14“雄猫”战斗机装备有电视摄像组件（TCS），能对目标进行远距跟踪与目视识别，在能见度良好的情况下识别距离达到了3-5公里，有些F-14飞行员报告说可以识别14公里之外的飞机。TCS可随动于机载雷达，在雷达发现目标后，TCS自动进行搜寻、捕获与锁定，生成的黑白图像可显示在飞行员与雷达截获官座舱下显中。现代战斗机可使用瞄准吊舱对目标进行目视识别，美国空军的“狙击手”瞄准吊舱集成了中波红外传感器，能在较远距离上识别空中目标。
二是敌我识别应答机。
在收到友机无线电询问信号时，应答机能自动对信号做出回应，如果没有收到应答，可能就是敌机。这种无线电敌我识别系统能在超视距上进行敌我识别，是一国空军最机密的装备。当年别连科驾驶米格-25叛逃日本后，机载的“硅-2”敌我识别系统就暴露给美国人，于是苏联空军被迫为米格-25机队紧急更换“口令”敌我识别系统。敌我识别应答机也存在先天缺陷。1994年4月14日，两架搭载了26名士兵的UH-60“黑鹰”直升机在伊拉克北部被F-15击落，原因就是UH-60的敌我识别返回信号不清晰，导致被F-15误判成敌机。
三是非合作目标识别。
非合作目标识别是目前最先进的敌我识别手段，其基本的原理是通过雷达探测目标的发动机风扇或者涡轮叶片，并与储存在数据库里的资料作比较，从而告诉飞行员它所发现的目标是哪种飞机。但是为了使得非合作目标识别更加有效，战斗机必须正对着目标的进气道或者发动机尾喷口飞行，如目标处于侧向位置，判断就会变得比较困难。这种识别方式主要用来识别机型，并不能判断该机的国籍。
此外，现代先进战斗机装备的相控阵雷达分别率极高，仅凭雷达图像就能完成敌我识别，但在实际作战过程中，一般还需要用其它方式进行确认，以防止发生误判。
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