1999年夺得队史第一座总冠军奖杯后，马刺进入了阵容新老交替的时期，00到03年这四个赛季，是马刺的第二冠的周期，在这个周期内，马刺的阵容可以分为两个阶段。前两个赛季，即99~00和00~01赛季，这算一个阶段，马刺的主力框架仍然是第一冠时的主力阵容，以双塔为战术核心，加上小将军约翰逊和肾斗士埃利奥特、死亡射手埃利、贾伦·杰克逊仍在阵中发挥余热，这些人都是99年夺冠的重要成员，其中马里奥·埃利在00年夏天离开马刺，其他三人在01年夏天离队，同时辅以马利克·罗斯、德里克·安德森、安东尼奥·丹尼尔斯等角色球员，马刺在这两个赛季仍然取得了不错的成绩，千禧年马刺常规赛53胜29负，2001年的马刺常规赛58胜24负。
这一个阶段，马刺的战术打法仍然以双塔为主。在00赛季和01赛季，大卫·罗宾逊实力犹存，第一个赛季场均17.8分9.6篮板2.3盖帽，第二个赛季场均14.4分8.8篮板2.4盖帽，与之相对应，邓肯00赛季场均23.2分12.4篮板3.2助攻2.2盖帽，01赛季场均22.2分12.2篮板3.0助攻2.2盖帽，这两年，马刺季后赛一次首轮被太阳淘汰（邓肯受伤没打），一次在西部决赛被湖人横扫，西部决赛邓肯23分12.3篮板4.3盖帽，和奥尼尔平分秋色，但马刺外线被科比打爆，最后湖人直落四局，马刺被横扫出局。
正在巅峰期的年龄，但01赛季邓肯的数据却稍有回落，个中缘由，不得不提00赛季常规赛收官阶段的伤病，当时邓肯遭遇了半月板撕裂的大伤，缺席当年季后赛，球队也在季后赛首轮被太阳淘汰出局。这次伤病带来的影响是很严重的，半月板撕裂对球员职业生涯的打击是毁灭性的，早期的“乔丹接班人”格兰特·希尔，以及后来的罗伊、奥登、罗斯、阿里纳斯，都是因为半月板的伤病无法再回巅峰，先后淡出人们的视线，受伤前邓肯的打法一度也是飞天遁地，非常具有观赏性，但半月板的伤病让邓肯运动能力急剧下滑，爆发力锐减，弹跳、速率都受到了很大影响，但得益于邓肯游泳出身的异于常人的身体协调性和内线扎实的基本功，在转变打法为地板流后，数据仍然维持了以往的水准，对比赛的影响力一如既往。
