3月下旬，孙中山、郑士良、陈少白、陆皓东等到广州，在双门底王氏家祠建立机关，假借"农学会"名义活动。"镇涛"号炮舰管带、原福建马江水师学堂学生程奎光及其水师数百人加入兴中会。起义的基本队伍是：新安、深圳等地的会党，中日战争后遣散的部分营勇，三元里、香山等地的民团，北江、顺德等地的绿林等。具体计划是以10月26日(九月初九日)为期，由杨衢云率领集中在香港的会党分子3000人作前锋，攻击广州地方衙署，其他队伍分头埋伏在广州城内响应。孙中山等认为，这一天是夏历重阳节，不少人回省扫墓，有利于掩护起义队伍行动。为了争取列强承认起义军是交战团体，黎德和特·高文起草了对外宣言，香港律师、立法局议员何启和谢缵泰作了修订，陆皓东制作了以青天白日为图案的旗帜。
10月6日(八月十八日)，孙中山在广州《中西日报》发表由兴中会会员、基督教牧师区凤墀代为起草的《拟创立农学会书》，征集同志。书中，孙中山表示将翻译各国农桑新书，设立学堂，开设博览会，躬操耕作，以此启发农民，振兴农业。广州很多士绅参加发起。其中有一位孙中山的香山同乡刘学询，因操纵与科举考试有密切关系的赌博，成为巨富，权倾一方。他曾资助孙中山行医。某日，孙中山在香港访问刘学询，闭门密谈。孙称："中国现要瓜分矣。""中国人犹醉生梦死，不知国亡之无日。""与其希求官僚之振作，不如运动草莽之奋起。"
