2007年，一处非常普通的居民区引来了江苏文物局的重视。这所居民区内唯一与众不同的地方就在于巨大的龙龟——碑座。人们每逢重要事情前，都要来到这里祭拜。然而，因为人们无法认清碑上的文字也搞不清历史来历，只知道是座寺庙。通过文字判断，这座寺庙名叫大报恩寺。
（1）大报恩寺隐藏着朱棣的亲生母亲的秘密
太平天国期间，南京著名的寺院大报恩寺毁于战火。这座寺庙是南方第一座大型寺庙（中国第二座寺庙，第一座为白马寺），初建于三国东吴时期。东晋初年命名为长干寺（建初寺），后来被改称天禧寺。明永乐六年（1408年）毁于火，永乐十年（1412年）明成祖朱棣敕工部于原址重建，为了报父母养育之恩，要求按照南京皇城的规模给予重建，并将其赐名为大报恩寺。
报恩寺内存有朱棣的身世秘密——碽妃。中国历史上对于朱棣的亲身母亲有五种说法，碽妃一说乃是其中之一。报恩寺内朱元璋居中，左首马皇后，接着旁边是其他人。右首则是孤零零地碽妃。由此，许多人就说朱棣的母亲是碽妃，当然，也有人说是放错了位置。更有人认为：碽妃是朝鲜进贡的妃子，而朱棣生在朱元璋与陈友谅、张士诚争夺天下的时期，朱元璋不可能受到朝鲜的重视。因此，否定这一说法。
同时，朱棣对大报恩寺的重视也很让一些人怀疑。大报恩寺是由朱棣的亲信郑和（别告诉我你不知道是哪个郑和）主持修建。其恢弘的程度世所罕见，其内有一座当时中国最高的建筑物——琉璃塔。史载“依大内图武，造九级五色琉璃塔，曰第一塔，寺曰大报恩寺”。十多万工匠，用了19年的时间才完工，花费钱粮银250万两，铜钱百万贯。
整个报恩寺规模的宏大，只说说琉璃塔就行。琉璃塔塔高78米，内有144扇窗户，每扇窗户内有1盏油灯，共有144盏夜间永不熄灭的灯，在长江上夜晚行船、长江边上行走之人、街上回家之人，远远一望就可知归家的方向。同时，塔内有1万尊佛像，更是让观者惊叹，什么叫做气势恢宏。
从咸丰年到20世纪后半期的半年里，这座让世人惊叹的保寺的残垣断壁也已经逐渐消失，或者变沉了工厂或者变成了居民区。拨乱反正后，南京的佛教僧侣、协会就开始逐渐恢复百年来被毁坏的寺庙，发掘各类文物。
（2）挖掘发现了比朱棣的秘密更重要千百倍的秘密
为了兴建“大报恩寺遗址公园”，对于大报恩寺的地宫挖掘提上了日程。由此，2008年1月，“古报恩寺遗址考古”工作开始了，人们经过文献记载的正德皇帝和大报恩寺方丈的对话——琉璃塔下有气眼儿判定，琉璃塔为地宫所在。因此，对琉璃塔开始发掘。
发掘工作很顺利，地宫很深有4.2米，是当时全国寺庙中发掘中比较深的，在发掘过程中，地宫的掩埋非常讲究一层黄土一层石块。4.2米处的时候，出现了一块90公分的石板，当清到6.7米的时候，最终发掘出一个“石函”，石函高150公分，边长72公分，由六块石板组成。
经过研究，将石板拨开后，北侧的石板上竟有一些文字，其中标题上有：金陵长干寺
当时，考古学家们顿时气馁了。本来抢救发掘的是明朝的大报恩寺，现在出土的地宫乃是北宋时期的长干寺，会不会挖错了呢？
其实没有，朱棣是利用了宋代长干寺的塔基建造了大报恩寺的塔基和琉璃宝塔。其后，有了更惊人的发现。根据石函的文字记载，人们顿时知道更伟大的发现了：10颗舍利、佛顶舍利等，佛教界重大发现。而其同时，佛教界的一位高僧也来信告知近来感到有佛顶舍利的感应。
跟据《资治通鉴》第157卷记载“上（南朝梁武帝萧衍）修长干寺阿育王塔，出佛爪发舍利。辛卯，上幸寺，设无碍食，大赦。”。而佛顶骨舍利最后一次出现是在武则天时期。
世界首现的佛顶舍利极为重要。当年，阿育王为了宣传佛教曾将释迦牟尼的舍利分为84000份儿，向世界传播。
（3）发掘佛顶舍利的过程
从地宫内把1.35米高的铁函挖开后，为了让千年的铁函非常安全地运送。2008年7月27日，在交通管制下，十几名武警以及几辆警车的护卫下，运输车以每小时5到10公里的速度缓慢前行。为了确保铁函安全，运输时要求以“平行垂直”的方式前行。遇到上坡、下坡路段时，或者用吊车，或者人工铺设轨道的方式前行。
必须永远平行垂直地走，3公里的距离走了8个小时。
运到地点后，对铁函进行清理，铁函上面全是撒的铜钱，因为已经有了千年甚至更长的时间，铜钱和铁函已经绣胶在一起。铁函上面的盖子，用铁条完全焊死。用了一个月的时间，把铁函清锈完毕，之后找到了缝隙撬开。
铁函内又有一层铁板，打开后全是都是水（一千年的雨水呀），打开后20平方米的屋子全是香味儿，这种香味足足持续了一个月，非常浓郁非常持久。后来经过检验，里面的香料主要是檀香、沉香、乳香、丁香、豆蔻等许多香。
水里面都是保存较好的丝绸，这些丝绸是包贡物以及阿育王塔的。这些布料经过了一千年，又经过雨水浸泡，竟然还有弹性！
阿育王塔被丝绸包裹，阿育王塔仍有蓝色光芒闪现。阿育王塔上面都是一些贡物，多是一包包地铜钱、玉器。阿育王塔与铁函相差不大，铁函专门是为了塔做的。
如何把塔拿出来是个难点，首先，人们想到了1987年，陕西扶风法门寺也曾出现过类似情况，那时是用自行车的车轮铁条分出来的，但因为塔太大无法取出来。之后，南京市民和广大佛教徒纷纷献策，最终，经过国家文物局地指示：塔要请出来，铁函不能破坏。
经过半年多的攻关，七宝阿育王塔终于被取出来了。之后，出现了诸多“稀世珍宝”，仅地宫内的物品每件都是宝物，包括丝绸、香料甚至是里面的雨水都是非常值得研究的宝物。顶骨舍利、感应舍利、诸圣舍利、阿育王塔、铁函等更不要说了。
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