哲蚌寺是藏传佛教格鲁派寺院，也是现今格鲁派中最大的一座寺庙。藏传佛教有很多不同的派系，格鲁派就是其中的一个分支，因为这个教派的僧人经常戴着黄色的帽子，所以格鲁派又被称作黄教。
公元1409年，宗喀巴大师在拉萨大昭寺成功地创办了传昭大法会，他苦心创立的新教派格鲁派，得到全藏僧俗群众的信奉。格鲁派势力日益强大，信徒与日俱增，在这样的背景下，宗喀巴弟子绛央却杰在明朝永乐十四年，主持修建了哲蚌寺。
哲蚌寺建成后，很快发展为格鲁派寺院中实力最雄厚的寺院。虽然黄教僧人戒律森严，但是他们日子过得并不清苦，相比普通牧民，他们可能还更有钱一点。据记载，哲蚌寺在最鼎盛的时候，曾拥有141个庄园与540余个牧场。
哲蚌寺在格鲁派中拥有至高无上的地位，因为这是历世达赖喇嘛的母寺。在没有搬家到布达拉宫以前，这里曾经就是历代达赖坐床和格鲁教派处理政务的地方。
据说，三世达赖索南嘉措是第一个被迎请入寺的活佛，后来他应蒙古俺答汗的邀请，到青海讲经传法。明朝万历年间，俺答赠给了他“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”的尊号。索南嘉措得此尊号后，又追认其前两世为第一、二世达赖喇嘛。五世达赖罗桑嘉措受清朝册封之前，一直住在这里，直到册封之后，他才搬进布达拉宫。
