本身水质的问题
据国家环境部门统计的数据，在中国的七个比较大的水系中，接近一半不适合做饮用水源；河道的污染达到了78%的比例；地下水的情况同样也令人担忧。中国水资源总量的1/3是地下水，而全国90%的地下水遭受了不同程度的污染。据报道，有关部门对118个城市连续监测数据显示，约有64%的城市地下水遭受严重污染，33%的地下水受到轻度污染，基本清洁的城市地下水只有3%。
处理工艺的问题
除了水源的污染，自来水中的余氯也是重要的污染杀手之一。氯是导致癌症、心脏病等疾病的主要因素，目前，国内几乎所有的自来水厂普遍采用沉淀过滤、加氯消毒的传统处理工艺来处理自来水，处理的过程中，氯同有机物、腐殖物相结合生成三氯甲烷、氯乙酸等，这些都是比氯更为强烈的有机污染物，特别是三氯甲烷，有致癌的可能性，不是危言耸听的。
传输过程的问题
最后一个污染途径在传输，自来水在传输过程中受到输水管网的二次污染。经过处理后的自来水出厂后，还要经过漫长的输水管网及高楼水塔、水箱等设施，在这些传输过程中，自来水中增加的污染物很多，如铁锈、污垢、细菌等，这些都直接影响自来水的水质；有一些污染物互相作用后，还会产生更加多的有毒化学物质。而且，很多有害物质就是烧开了水也无法去除的。
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