李鸿章的亲信李凤苞用国家巨款购买军舰时，以两成的回扣中饱私囊，使所购军舰大幅减少。李鸿章的外甥张士珩担任天津军械局总办“偷盗抵换”，使黄海之战舰队炮弹缺少，炮弹去哪了?卖给了日军，李鸿章的外甥得银数十万两。当时清政府命兵部左侍郎王文锦确查具奏，王文锦奏称，张士珩所卖军械，多被日本人买去。此案最后由张之洞所办，因张之洞与盛宣怀等人之间的暗箱交易，张士珩仅以玩视防务罪被革职，后来又在李鸿章帮助下东山再起。
甲午战争中，张士珩手下任军械局书办的刘树棻，被日本著名间谍石川伍一收买，出卖了大量清军情报。李鸿章却以各种理由，极力袒护日本间谍及其收买的相关官员，使日本间谍案没有得到彻查。比如，石川伍一曾在供词中承认，他和刘树棻仅仅是小角色，李鸿章外甥张士珩勾结日本间谍头目神尾光臣(当时住在日本驻天津领事馆)，泄露了中国大量机密：“张士珩四大人与神大人(即神尾光臣)最好，因此将中国各营枪炮子药并各局每日制造多少底细告知神大人。”
据石川伍一的供词，李鸿章身边之人，不仅仅只是张士珩一人通敌，“神大人半夜在裕太饭馆中请中堂亲随之人，并王小波、于子勤、戴京春、戴姓、刘姓、汪大人、刘树棻等商议密事，遇有紧要军情，即行飞电。”李鸿章身边的大量亲信和高级官员替日本当间谍，泄露了诸如高升号的相关情报信息，致使高升号被日军伏击围攻，近千名官兵遇难。石川伍一在供词中明确承认：“叫日本打高升船官兵的信，是中堂衙里送出来的”。总而言之，战争过程中，李鸿章的一举一动都在神尾光臣的掌握之中。
清末有“宰相合肥天下瘦”的说法，容闳说李“绝命时有私产四千万两以遗子孙”。李鸿章的哥哥李瀚章曾任两广总督，是一个和当时李鸿章齐名的大贪官，以搜刮民脂民膏、买官卖官、收受贿赂、经营私人票号、官商一体等等著称。孙中山曾撰文揭露李瀚章将两广地区所有的官职都设定了价格以供买卖。清末李家真可谓“腐败亲兄弟，卖国父子兵”。当时“就地产来说，半个安徽是李家的”，“上海的半条华山路是李家的”。仅李鸿章长子李经方一人的遗产，除了数不尽的房产、股票、存款之外，还有在汇丰等外国银行有500万英镑的秘密存款。李鸿章后人现在有不少亿万富翁，子孙遍及海内外。
