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正当曹操在徐州战场节节胜利之际，兖州豪强张邈、陈宫联合吕布突然在兖州爆发大规模的叛乱并控制了兖州大部地区。无奈之下，曹操只能放弃在徐州的行动，立即回军兖州。曹仁则奉命进攻句阳地区，与吕布的军队交战。
曹仁进展顺利，不但活捉吕布大将刘何，而且成功占领句阳，保证了曹军主力侧翼安全。由于曹仁在战场上的出色表现，曹仁被曹操任命为广阳太守。
不过，对于让曹仁这样一位勇略俱佳的将领前往地方工作，曹操心有不甘，太守任命颁布不久，曹操又改任曹仁为议郎，让其继续留在军中效力，并且担任骑兵的指挥官。曹仁所率领的这支骑兵部队，则是后来闻名天下的曹军精锐——虎豹骑。这也可见曹操与曹仁的欣赏和重用。
为了准备与袁绍集团进行战略决战，曹操于建安三年（公元198年）对盘踞在荆州北部的凉州军阀张绣再次发动进攻，企图尽早拔掉张绣这颗钉子，解除后顾之忧。而曹仁则再次担当起策应和掩护主力进攻的重任。曹仁不但成功夺取了张绣占据的一些据点，同时还俘获了三千多人，掩护了曹军主力的行动。
在曹军主力围攻穰城不果，荆州牧刘表派兵增援张绣的不利局面下，曹操下令全军撤退，结果在回师的过程中遭到张绣的追击。此时曹军将士士气低落，战事不利。只有曹仁所部仍然和以往一样顽强作战、英勇杀敌，扭转了不利局势并鼓舞了全军士气，曹军步骑齐出，终于打败了张绣追兵并成功撤出战场。
献帝建安四年（公元199年），中原地区的局势发生较大变化。袁绍集团与曹操集团的矛盾日益激烈，双方都在为进行大规模的战略决战做准备。此时的河内郡成为了双方争夺的焦点之一。
河内太守张杨本是吕布盟友，曾经在吕布被曹操围困之后出兵东市以策应吕布。后来张杨的部将杨丑打算投靠曹操，将张杨杀死，但是不久后原黑山军将领睦固又杀死了杨丑，打算率部投靠袁绍。
当时睦固的军队屯兵射犬，曹操派曹仁与史涣发动进攻。睦固留下了薛洪与缪尚固守射犬，自己率部北上向袁绍求救。双方在射犬城外相遇并展开激战。最终曹仁与史涣一道杀死了睦固并包围了射犬城。薛洪与缪尚眼看无法迎敌，只得举手投降。
击败张绣、消灭睦固的胜利，对于曹操消除隐患，放心大胆的与袁绍展开官渡之战这一决定汉末中国北方霸主地位的战役打下了坚实的基础。作为这几次战役的参与者，曹仁均发挥了重要的作用。
