在国民党重返执政后，曾规划连战负责国际事务，荣誉主席吴伯雄负责国共交流;而萧万长卸任后则推动成立两岸企业家高峰论坛(前身为紫金山论坛)，两岸两党高层互动十分频繁。马英九对此表示，
并没有在制度上特别规划分工，"但希望两岸交流互动愈多愈好、层次愈高愈好"。很显然，相对于大陆包括前主席胡锦涛在内的高层、与包括社科院在内的智库，都热衷于两岸建立军事合作互信机制、高层开展对话。
对此，台湾领导人的反应似乎并不十分热心，有时候乃至于近似敷衍舆论与民意。近期关于与中共领导人会面一事，马英九则表现的更加干脆。"还要创造一些条件"，所谓的条件就是中共要答应一下五条：
一、南海的主权与利益问题。
对于中国别的纠纷地域、海域的主权，台湾不是十分在意，台湾注重的是南海主权--这儿距离台湾较近，资源与能源储量极大，并且是台湾重要的海上通道。所以，台湾非常注重南海的主权。
