袁世凯死后，段祺瑞签署了一道丧葬通令，通令称"前大总统（指袁世凯）赞成共和，奠定大局"，因此"所有丧葬典礼……务极优隆"。
袁世凯死的时候确实仍是在职总统，以在职国家元首的规格给他治丧无可非议，而且人死为大，昔日政敌们固然不便再穷追猛打，就连那些在护国战争中明里暗里背叛他的袍泽故旧也纷纷"冰释前嫌"，或亲自或派随员赶到北京沉痛悼念老上司。于是在段祺瑞等人的主持下，袁世凯不仅没有因闹帝制而被问罪，还得到了"国葬"待遇：全国下半旗致哀，停止娱乐活动一天，学校停课一天，文武官员停止宴会二十七天。
在国家财政极为困窘的情况下，段祺瑞仍决定拨款五十万元作为袁世凯的丧葬费，同时向袁氏家属赠送了仪葬费一百万元。按照葬仪，在正式下葬之前，袁世凯的遗体要在中南海停灵，停灵期间，他亲率各部总长轮流守灵，接着又在公祭典礼上代表总统主祭。
民国典礼已废除匍匐磕头的规矩，改行三鞠躬，但仍有人感到"受恩深重"，不行跪拜大礼说不过去，一些靠得近点的，还是在灵前按照前清仪式磕了头。仅此一点，也让袁世凯的葬礼更多了一些人情味。
袁世凯的遗愿是将他的遗体安葬于彰德。公祭结束后，段祺瑞亲自执绋送葬，护送袁世凯灵柩去彰德，夫人张佩蘅也以义女的身份一同前去送灵。
送灵这一天，使用了抬运棺木的最高仪规，即"六十四抬大杠"，这在民国以前，只有皇亲国戚才配受用。袁世凯闹帝制，据说主要是听了长子袁克定的主意，到了这个时候，袁克定心中不免悔恨。他本身是个瘸子，腿脚不利索的，难得的是作为孝子，仍打着幡，一步一步地从怀仁堂走到了西车站。
