清末海军惩罚制度分对军官和士兵违规惩罚的两类内容。
对官员违规的惩罚。对管带官违犯军令的，由提督报北洋大臣批准，轻则记过，记一过者，停资一月，如此记过三次者，停资三个月。重则降级、革职、撤任。
对管带以下属官，游击、都司、守备犯规的，轻则由管带官予以记过、停资。重则报提督查办，其处罚方式和记过停资之法同管带官一样。
对副将以下，守备以上人员，被降级、革职处分，仍留任者，作署事论，官俸只支半薪；如本是属事人员，官俸只支四分之一，船俸则照支。
对千总以下的属官的违规处罚又分两类。一是由学堂出来的属官，有记过、停资、降级、革职、撤任等处分；一是由水手出身的属官，如违犯军令，处以棍责，无记过、停资处分，情节重的则降级、革职、撤任。
其中降级、革职、撤任处分，无论哪级官员均须报提督批准。
对船上弁目，水手与无官职人员惩罚。对一般违军令者，由管带官处罚其方式有禁足、鞭责、械击或革退等；凡水手逃亡者，抓回鞭打八十，监禁一个月，临阵逃亡的，斩立决。
战时，如果船只遇险时，弁兵倡议逃驶，准管带官先予正法，收队再报，以肃营规。
清末海军奖惩的特点是突出的。第一、体现了注重知识和实际经验的精神。对最低层军官的选拔要求必须学堂毕业，成绩优等，具有一定的船上工作实践，然后每一级军官都须在下一级中选拔，界限极严，不能逾越，保证了军官队伍结构的知识化，技术化，提高了军队的作战能力和官兵的素质。
第二、具有灵活性、及时性。由于战争的需要，清末能够根据实际情况及时制定出切实可行的奖惩制度。
第三、1894 年 9 月 17 日，激烈的黄海海战开战，战争中“致远”舰管带邓世昌，带领士兵冲锋陷阵，攻毁敌船，但“致远”舰被敌弹击中，沉没海底，邓世昌被人救起后，仍誓与舰同沉。
第四、为此事丁汝昌立即拟定《海军惩劝章程》呈李鸿章，由李鸿章于 10 月 5 日奏请皇上批准，规定“有前敌冲锋尽力攻击者，或被敌轰沉，或机器损坏或弹尽，或烧毁，无可挽救，虽军舰沉焚，而舰中将士遇救得生还的准免治罪，仍予论功。”“傥敢临阵擅离部位，虽船被毁，即死也不准议恤，或遇救生还，仍得治罪。”
清末海军奖惩制度针对当时海军人才缺乏的情况，为了保存实力，不提倡杀身成仁的做法，具有一定的灵活性。
尽管清末海军奖惩制度比较严密，但在实际操作中，却形同虚设。周馥回忆说，“余订《海军章程》，赏罚各有条例。而将官多不遵行。相国阅操亦示宽大，谓此武夫，难拘绳墨”，提督丁汝昌也不能严格治军。
由于和平时期管理松懈，疏于操练，致使战争中，出现各路协调乏力，操作生硬等情况，尽管在战争中清廷处分了海军主要将领 20 人，其中高级将领 5 人，中级将领 9 人，低级将领 6 人，济远舰管带方伯谦被处以极刑，但已弥补不了平时松懈造成的损失，平素对奖惩制度没有严格的执行是战争失败的一个原因。
来稿/孔曼 运营/祥哥
