虽然行政诉讼起诉期限和诉讼时效都设有一定的期间，且经过一定的期间都会对当事人发生某种不利的法律后果，但二者在本质上是两种不同的法律制度。
1、性质不同
起诉期限：起诉期限是诉之合法的要件，即起诉能够被法院予以受理的法定条件，规定在行政诉讼法中，系诉讼程序法律制度;诉讼实效是诉之有理由的要件，即原告的诉讼请求能够成立的前提。
诉讼时效：诉讼时效属于民事实体法律制度，规定在民法通则中。
2、立法目的不同
起诉期限：行政诉讼法中之所以设立起诉期限，在于督促相对人尽快行使权利，提高行政机关执法效率，维护行政管理秩序的稳定。如果允许相对人任何时候都可以对行政行为申请救济，势必使行政行为一直处于被质疑和否定的状态，既影响了行政效率，又将给行政管理秩序带来混乱。
诉讼时效：民事实体法中规定诉讼时效，其目的在于经过法定期间使原权利人丧失权利，使长期存在的事实状态合法化，有利于经济秩序和法律秩序的稳定。
3、的起算时间不同
起诉期限：行政诉讼的起诉期限从相对人知道或应当知道具体行政行为之日起计算，其采取的是客观行为的标准，强调“行为”;
诉讼时效：诉讼时效的起算时间从当事人知道或应当知道权利被侵害之日起，以当事人主观感知权利被侵害为标准，强调“权利”。
4、的期间有无变化不同
起诉期限：起诉期限是一个固定期间，不存在中止、中断的情形。除非有正当事由，并由人民法院决定，才可以对被耽误的法定期限予以延长。
起诉期限：诉讼时效属于可变期间，只要具有法定事由，便可将其中止、中断和延长。
5、人民法院对二者超过法定期间的处理方式不同
起诉期限：人民法院可以依职权审查起诉期限。相对人超过起诉期限起诉的，人民法院将裁定不予受理;受理后发现超过起诉期限的，裁定驳回起诉，即相对人丧失了起诉权。
起诉期限：通常情况下，人民法院不主动审查诉讼时效问题。而且，它不是民事诉讼起诉的法定条件，当事人并不丧失起诉权。经人民法院审理超过诉讼时效的，判决驳回原告诉讼请求，即当事人丧失的是胜诉权。
扩展知识区：
人民法院应当在立案之日起五日内，将起诉状副本发送被告。被告应当在收到起诉状副本之日起十日内向人民法院提交作出具体行政行为的有关材料，并提出答辩状。人民法院应当在收到答辩状之日起五日内，将答辩状副本发送原告被告不提出答辩状的，不影响人民法院审理。
人民法院接到起诉状，经审查，应当在七日内立案或者作出裁定不予受理。原告对裁定不服的，可以提起上诉。
1、公民、法人或者其他组织因不可抗力或者其他特殊情况耽误法定期限的，在障碍消除后的十日内，可以申请延长期限，由人民法院决定。
2、人民法院应当在立案之日起五日内，将起诉状副本发送被告。被告应当在收到起诉状副本之日起十日内向人民法院提交作出具体行政行为的有关材料，并提出答辩状。人民法院应当在收到答辩状之日起五日内，将答辩状副本发送原告。
被告不提出答辩状的，不影响人民法院审理。
3、当事人不服人民法院第一审判决的，有权在判决书送达之日起十五日内向上一级人民法院提起上诉。当事人不服人民法院第一审裁定的，有权在裁定书送达之日起十日内向上一级人民法院提起上诉。逾期不提起上诉的，人民法院的第一审判决或者裁定发生法律效力。
